​Áncora apoyó técnicamente a la Organización Nacional de Pueblos Indígenas de la Amazonía Colombiana (OPIAC) en la consulta previa mediante la cual se formularon el Protocolo de coordinación, articulación interjurisdiccional y diálogo intercultural entre la Jurisdicción Especial Indígena y la Jurisdicción Especial para la Paz. El documento se concertó en el marco de la Mesa Permanente de Concertación con los Pueblos y Organizaciones Indígenas (Decreto 1397 de 1996), y contiene principios generales; mecanismos de relacionamiento, articulación y coordinación entre autoridades indígenas y JEP; formas de participación de sujetos procesales e intervinientes especiales indígenas; entre otros aspectos fundamentales para el cumplimiento misional del órgano de justicia transicional.